Пунакха расположена восточнее Тхимпху в плодородной долине на высоте 1220 м. Климат здесь субтропический, что позволяет выращивать многие сельскохозяйственные культуры. С 17 века и до второй половины 20 века Пунакха являлась столицей Бутана, да и по сей день из-за своего мягкого климата город называют "зимней столицей" страны, в зимнее время в Пунакху перебирается духовный лидер - джокемпо.
Начало городу положил построенный в 1637 году на месте слияния рек Мо-Чу и Пхо-Чу укреплённый монастырь Пунгтханг-Дечэн-Пходранг-Дзонг (Дворец Большого Счастья), в наши дни известный, как Пунакха-Дзонг. Это был один из первых дзонгов, возведённых при короле Шабдрунге, здесь же он был и похоронен. Монастырь стоит на небольшом островке и соединён с окружающими местностями деревянным мостом. Внутри монастыря интересен мемориальный храм Мачей Лакханг c мавзолеем Шабдрунга, храм Наг-Йул-Бум, обширная библиотека с собранием томов буддийского канона Канджура и хранилище королевских реликвий.
Окрестности Пунакхи испещрены пешими тропами различного уровня сложности. Наиболее популярные маршруты проходят через пещеры Гуру Ринпоче, внутри одной из которых построен небольшой храм, и горячие источники Кома-Тсачу, вода из которых подаётся в три бассейна.
Южнее Пунакхи на берегах реки Пунакха-Чу находится город Вангди. В его окрестностях стоит посетить монастырский комплекс Вангдипходранг-Дзонг (1638 год), монастырь Гангте (17 век), пещеры Ландра-Ние ("священное место красного быка"), где по преданиям медитировал Гуру Ринпоче и где сохранился отпечаток его пальца, а также долину Пхобжикха в Чёрных горах, где зимуют черношейные журавли.
Долина Пхобжикха находится на территории Национального парка Чёрных Гор, который также известен, как Национальный парк Джигме Сингье Вангчука. Парк расположился на территории в 1723 кв. км, где простираются Чёрные горы и их предгорья, отделяющие восточную и западную часть Бутана. Высоты в пределах парка колеблются от 200 до 5000 м. В северной части парка можно увидеть заснеженные горные пики, в центральной части - хвойные леса, а на юге - субтропические леса. В парке обитают такие млекопитающие, как гималайские медведи, бенгальские тигры, дымчатые леопарды, красные панды, горалы, индийские замбары, мускусные олени, золотистые лангуры, а также более 300 видов птиц.
С Национальным парком Чёрных гор граничит Королевский Национальный парк Манас. Парк был основан в 1966 году и стал первым национальным парком страны. Площадь его составляет 1023 кв. км. Парк занят тропическими и субтропическими экосистемами с влажными тропическими лесами. В дождливый сезон здесь выпадает до 5000 мм осадков. В связи с подобными климатическими условиями этот парк является самой "богатой" природоохранной территорией Бутана. Здесь насчитывается более 900 видов растений, 45 видов млекопитающих (гималайские медведи, носороги, дикие буйволы, азиатские слоны, бенгальские тигры, дымчатые леопарды, гауры, нескольких разновидностей оленей, карликовые свиньи, золотистые лангуры, щетинистые зайцы) и около 360 видов птиц.