Эстония расположена на северо-востоке Европы на южном берегу Финского залива. Площадь территории страны - 45 227 кв. км. На юге она граничит с Латвией, на востоке - с Россией. Характер рельефа на большей части Эстонии - равнинный. В южной части Эстонии находятся наиболее приподнятые части территории - возвышенность Отепя (высотой до 217 м), возвышенность Хаанья (высотой 318 м) и возвышенность Сакала (высотой до 145 м). Самая высокая точка страны - холм Суур Мунамяги - 318 метров над уровнем моря. Самая длинная река Эстонии - Пярну. Она имеет протяженность 144 км и впадает в Рижский залив Балтийского моря, а наиболее многоводная река - Нарва. Здесь насчитывается более 1000 моренных озер.
Крупнейшее озеро страны - Чудское, оно образует природную и историческую границу с Россией. Площадь его 3555 кв. км. Самый крупный внутренний водоем Эстонии - озеро Выртсъярв, площадью 266 кв. км. Во владения страны также входят более 1500 островов, крупнейшие из которых - Сааремаа, Хийумаа, Муху, Вормен, Найсаар, Аэгна, Прангли, Кихну, Рухну, Абрука и Вилсанди.