Индонезия находится в юго-восточной Азии. Архипелаг состоит из 5 основных островов (Суматра, Калимантан, Сулавеси, часть острова Новая Гвинея и Ява) и множества небольших островов, разбросанных между Азией и Австралией. Всего их более 18 000 и только 6 000 из них обитаемы. Общая площадь архипелага 1904,5 тыс. кв. км., это самое большое островное государство. Регион относится к Тихоокеанскому огненному кольцу - из 500 расположенных здесь вулканов около 200 действующие. Самые известные вулканы - Кракатау в Зондском проливе и Тамбора на острове Сумбава. В 1883 году, в результате извержения вулкана Кракатау, был разрушен целый остров и погибли десятки тысяч человек. Сейчас на его месте расположен остров Анак Кракатау (сын Кракатау). Извержение вулкана Тамбор в 1815 году считается самым сильным на Земле за последние 500 лет.
С севера Индонезия омывается Южно-Китайским морем, на юге и западе - Индийским океаном, с востока - Тихим океаном. Рельеф основных островов в основном гористый, а прибрежные участки занимают равнины. На западе острова Суматра расположились горы Барисан, самая высокая точка которых - вулкан Керинчи (3800 м), восточная же часть - заболоченная равнина, где находится самое обширное тропическое болото мира. Вдоль всего острова Ява находятся многочисленные вулканы, самый высокий - Семеру (3676 м). Остров Калимантан по окраинам равнинный, а в центре расположились древние горы, с отметками до 4000 м, на юге находится заболоченная низменность. На острове Сулавеси преобладают молодые горы с обрывистыми склонами. На острове Новая Гвинея находится самая высокая точка страны - гора Джая (5040 м). На малых островах из крупных вулканов выделяются Ринджани (3726 м) на севере острова Ломбок и Агун (3148 м) - на острове Бали.
В Индонезии много рек, которые в течение всего года полноводны. На острове Суматра протекают реки Хари (800 км), Муси, Кампар, Рокан и Сиак, на острове Калимантан - Капуас (1040 км), Махакам, Мартапура и Барито. Из-за достаточного увлажнения в стране большое количество озер и болот. Самое большое озеро расположилось на севере острова Суматра - озеро Тоба, площадью 1775 кв. км.