В первую очередь на острове стоит посетить столицу страны - Джакарту. Здесь интересны площадь Таман Фатахила, вымощенная камнем, на площади Свободы (Медан Мердека) возвышается 132-метровый мраморный монумент "Монас", на вершине которого сооружена эмитация пламени, покрытая золотом, недалеко расположен Национальный музей Индонезии. В Центральном музее, который был основан в 1778 году, собрана обширная коллекция находок, которые относятся к каменному веку, здесь представлены изделия древних мастеров из бронзы и керамики. Музей расскажет о быте и традициях народов, населяющих архипелаг. Интересны также храм Цзинэ-Юань, который стоит в китайском квартале Глодак, и считается самым старым храмом города (17 век), старинный порт Сунда Келапа, здание городской ратуши, церковь Виллельме (1835 год), президентский дворец, Пенангские ворота (1671 год), мечеть Истикляль (одна из крупнейших в Юго-Восточной Азии ) и Дворец искусств (1820 год).
На местном базаре и в торговом центре "Мангадау" можно приобрести сувениры, на юге города вместе с детьми посетите зоопарк "Рагунан" или парк "Мини Индонезия" с оранжереей, где растут красочные орхидеии. Помимо столичных достопримечательностей на острове есть много интересных мест. В горах расположен курорт Бандунг, в его окрестностях можно увидеть живописный водопад Даго и горячие источники Марибайя.
Рядом с городом Богор расположился ботанический сад Кебун Рая (80 гектар). В деревне Прамбанан находится храмовый комплекс Лара Джонгранг, возведенный в 10 веке. Его название переводится, как "стройная дева", здесь очень часто проходят выступления известного балета "Рамаян".
В центре острова, недалеко от города Джокьякарта, наиболее популярен среди туристов памятник Ступа Боробудур, который был построен с 778 по 856 года. В переводе его название звучит, как "храм тысячи Будд". Это сооружение представляет собой каменную ступенчатую пирамиду высотой 34 метра, которая окружена по спирали пятикилометровой "Дорогой процессий". Всего здесь насчитывается около 500 статуй Будды, а на вершине стоит святилище. Это крупнейший памятник буддизма во всем Южном полушарии.
Остров Бали - самый популярный курорт Индонезии. Расположен он между островами Ява и Ломбок. Главный город острова - Денпасар, где для туристов будут интересны Этнографический музей, Центр искусств и, расположенный на склоне вулкана Агунг, храмовый комплекс Пура Бесаких (Храм Матери) - На Бали очень много храмов, самые известные из них - окруженный водой "Королевский храм" Taман Аюн в Meнгви и "храм посреди озера" Уюн Дану. В старинном центре ремесленников, городе мастеров и столице искусства Бали - Убуд, можно приобрести сувениры, пройтись по ювелирной галерее, галерее батика, посетить центр резьбы по дереву. Обязательно отправляйтесь в "Пещеру летучих мышей", "Слоновую пещеру" и на расположенное в кратере потухшего вулкана озеро Батур с шикарным ботаническим садом вокруг.
Остров Сулавеси известен своими племенами Торайа, которое устраивает сложные и очень интересные церемонии. В городе Уджунгпанданг стоит посмотреть форт Вреденбурн и Музей народного искусства, а из города Манадо на севере острова ежедневно туристы отправляются в путешествие на потрясающие коралловые рифы возле Пулау Бунакен.
На острове Суматра находится самое большое озеро архипелага - Тоба (1707 кв. км.). Оно настолько большое, что на острове, расположенном в центре озера, построили несколько деревень. Среди природных достопримечательностей стоит выделить Национальные парки Гунунг-Лёсер и Бербак. В городе Медан интересны дворец Истана Маймун, мечеть Месджид Райя и Военный музей "Букит Барисан" , в окрестностях - крокодиловая ферма.
Остров Калимантан практически весь покрыт непроходимыми лесами, где до сих пор живут племена даяков. Города Самаринда и Баликпапан - лучшее место для начала увлекательного путешествия по реке Махакам. Во время путешествия вы можете полюбоваться орхидеями и увидеть таких животных, как орангутан, крокодил, дымчатый леопард, макака и легендарную птицу-носорога и посетить одно из племен даяков. В водах реки Махакам водится единственный в мире пресноводный дельфин.
Остров Флорес известен своими уникальными разноцветными озерами в кратере вулкана Келимуту. Различные минеральные соли, поступающие из кратеров в озера, меняют окраску воды.